Es el área a la que más tiempo de estudio le dedico. Te recomiendo leer las crónicas antiguas, por ejemplo está 'Los comentarios reales de los Incas' (1604) del Inca Garsilaso de la Vega. Está obviamente centrado en los habitantes del antiguo Cuzco pero también menciona muchas cosas de la anexión del noroeste argentino al Tahuantinsuyo, como la relación con el reino de Tucma o los conflictos con los guaraníes (llamados chiriguanos). Es un libro interesantísimo, no tiene desperdicio. Acá está en un castellano actualizado y con un índice que ayuda bastante. Por ejemplo en el Libro séptimo capítulo capítulo XVII te habla de la nación 'chiriguana'.
http://museogarcilaso.pe/mediaelement/pdf/3-ComentariosReales.pdfTambién está la 'Historia argentina del descubrimiento, población y conquista del Río de la Plata', enfocada en el centro de Argentina y Paraguay, menciona a los charrúas, payaguás y comechingones entre otros. Lamentablemente el pdf está incompleto.
http://www.cervantesvirtual.com/obra-visor/historia-argentina-del-descubrimiento-poblacion-y-conquista-de-las-provincias-del-rio-de-la-plata--0/html/Este es el 'Desengaño y reparo de la guerra del Reino de Chile' escrito por un Maestre de Campo español (1614) que está centrado en la guerra con los mapuches y propone una estrategia para derrotarlos, hay varias partes que menciona cosas del territorio que es actualmente Argentina, por ejemplo desde la página 13 (23 del pdf) habla de las ciudades de San Juan, San Luis y Mendoza.
http://www.memoriachilena.gob.cl/archivos2/pdfs/MC0008853.pdfEsta no es una crónica pero es un estudio de los textos del Padre Luis de Valdivia (principios de 1600) que investigó la lengua huarpe, pueblo originario de Cuyo que fue forzado a la esclavitud y culturalmente se encuentra extinto.
https://www.redalyc.org/pdf/1345/134552973005.pdfAcá está la 'Historia de la conquista del Paraguay, Río de la Plata y Tucumán' de Pedro de Lozano. No la he leído completa pero se ve una descripción bastante completa de las naciones indígenas. Lamentablemente todavía hay muchas crónicas o documentos antiguos que no han sido digitalizados. Por ejemplo este año compré 'Usos y costumbres de los araucanos' de Claudio Gay y es oro puro. De todas maneras conozco muchas más obras antiguas que están en linea que podría recomendar, pero la mayoría no trata a los indígenas del actual territorio argentino o los menciona tenuemente.
https://www.biblioteca.org.ar/libros/131287.pdf