Como andas? mira el jmol yo lo habia bajado pero nunca lo entendí nunca pude dibujar una molpecula, creo que vos lo descargas y ejecutas el archivo jmol.jar . Está hecho en java.
Yo personalmente te recomiendo que te consigas el Avogadro, que es un programa casi igual pero mucho más amigable para trabajar. Es bastante intuitivo yo lo aprendí muy rápido.