Jonathan Pacheco es clase 1992, al igual que otras falsas promesas como Navarro, Pedrozo, Adrián Martínez, Chaparro y Ramírez. Todos ellos debutaron en 2011. El Pulpito González también es 92, pero debutó antes.
Pacheco sólo llegó a jugar 7 partidos en la primera de San Lorenzo. Debutó en la última fecha del Clausura 2011. El técnico era Asad. Fue 1 a 1 con Banfield (casi lo ganamos sobre la hora, pero Lammana se comió un gol imposible)
Su segundo partido fue en el Apertura 2011, el mencionado triunfo sobre Vélez. Allí entró desde el banco (en el primer tiempo, por el desgarro de Chaparro) y se destacó, tanto que la fecha siguiente con Racing, arranca como titular. Algunas fechas después juega desde el inicio dos partidos seguidos: contra Olimpo (lo remplazó Ortigoza) y Unión (la única vez que completó los 90 minutos). Ese fue el último partido de Asad.
Ya con Madelón, entra en el segundo tiempo de la última fecha del torneo, la vergonzosa derrota en San Juan; y en la primera fecha del Clausura 2012, aparece como titular en la mencionada goleada 1-4 en Lanús. Esa noche lo reemplazó Romagnoli y se acabó la fulgurante carrera de Pacheco como jugador de San Lorenzo.